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开展自身免疫和感染免疫疾病研究，发现CD4 T细胞在疟疾感染中的决定性作用, 并最先发现消化道是新冠病毒感染的重要途径
徐沪济教授以临床实践为基础，开展自身免疫和感染免疫疾病研究，取得了一系列系统性原创研究成果，揭示了强直性脊柱炎和类风湿关节炎的重要发病机制，提出了精准诊疗评价指标，发现了新的药物靶点，主持和参与了国内外31项多中心临床新药试验，促进了相关药物在全球的临床应用，建成了国际上规模最大的“强直性脊柱炎专病临床基地”，指导了数以万计风湿病患者的诊治。他的主要学术贡献包括：
·揭示强直性脊柱炎的关键发病机制，为临床诊疗带来实质性改变
强直性脊柱炎（Ankylosing Spondylitis, AS）发病机制不明，患病率高、致残率高、治疗费用高, 是全球亟待突破的医学难题。徐沪济教授团队对AS的致病机理及其诊疗的转化开展了系统性和原创性研究。主要创新性成果有：
1. 在基础研究领域，在国际上最早揭示TH17细胞参与AS致病。长期以来，大家一直在寻找最终导致AS致病的关键免疫细胞。他发现与白种人AS发病强相关的IL23R基因在汉族人AS发病中无关联，进而发现IL23R下游转录因子STAT3是汉族人特有的与AS强相关的易感基因，揭示汉族人和白种人AS的发病最终都归结到IL23R/TH17信号通路这一共同途径，TH17细胞起到关键作用。该研究成果促使抗IL-17抗体药物成为全球AS治疗的主流产品，疗效显著。他率先发现T淋巴细胞可以特异性识别HLA-B27提呈的肠道菌多肽，第一次证实了环境-遗传-免疫间存在相互作用，为剖析AS发病机制提供了新的研究方向。
2. 在诊断和疾病预测领域，他率先揭示不同的HLA-B27亚型在AS诊断中的重要意义，开创AS精准诊断策略，为疾病发展预测提供了科学依据。系列研究成果受到国际关注，是第一个受邀在美国风湿病年会全会上（Plenary Section）报告的中国成果。
3. 在临床转化领域，他开展了全球第一个头对头生物类似药与原研药阿达木的III期临床试验，研究成果在Lancet Rheumatol以封面论文发表，这是我国自主研发的生物类似药临床研究首次在国际知名医学杂志刊载。
·发现类风湿关节炎新的易感基因，找到候选药物靶点
类风湿关节炎（Rheumatoid Arthritis, RA）致残率高，发病机制不明，现有治疗主要以缓和病情为主，其关键发病机制和有效治疗方法亟待研究。徐沪济教授团队在我国最早系统性开展了RA免疫遗传学研究。他率先发掘MMEL1和 CTLA4是汉族人RA的易感基因，PTPN22基因与汉族人RA没有相关性，并发现DPP4、 CCR6和CDK5RAP2是汉族人RA特有的易感基因，揭示了跨人种研究的重要性。他与国际同行的合作研究首次提出了整合人类基因组数据与其他生物信息这一新的系统性研究方法，发现101个RA致病位点，找到了871种候选药物靶点，极大促进了新药研发与临床应用。
·发现CD4 T细胞在疟疾感染中的决定性作用, 并最先发现消化道是新冠病毒感染的重要途径
徐沪济教授在感染免疫的研究领域中开展了多项工作。既往认为疟疾血期的抗感染免疫依赖于抗体，但针对抗体免疫的疫苗缺乏持久保护效果。他的原创性研究在国际上率先发现CD4 T细胞免疫在血期疟疾抗感染免疫中起到决定性作用，克隆了第一个CD4 T细胞介导的疟疾抗原，进而发现疟疾抗感染不能产生持久保护的机理是由于特异性T细胞出现凋亡所致。系列开拓性研究推动了小剂量疟原虫免疫作为疫苗的临床试验在全球开展，开辟了细胞免疫在 疟疾抗感染免疫研究中的新方向。
在新冠肺炎爆发之初，新冠病毒的感染特性亟待研究。他迅速带队攻关，发现ACE2 和TMPRSS2不仅在肺AT2细胞, 同时可在食道、回肠和结肠的吸收肠细胞中高表达。这是最先发现，除呼吸道外，新冠病毒还存在其他传播途径，对早期疫情防控的政策制定产生重要影响。
·致力于推动我国内科学规范与创新发展
徐沪济教授2015年起 担任《中国内科年鉴》第五任主编，这是我国内科学发展历程的见证书；他是人民卫生出版社《内科学手册》第八版主编，这是我国住院医师的工具书；他主编的《风湿免疫疾病诊疗标准》， 填补了国内风湿免疫病临床诊断标准的空白。
·第一位担任国际风湿病杂志编委的中国学者，提升我国风湿病研究在国际舞台上的影响力
徐沪济教授是第一位担任国际风湿病杂志编委的中国学者, 现任风湿病顶尖杂志Annals of the Rheumatic Diseases编委，Frontiers in Immunology和Frontiers in Medicine - Section副主编，是唯一参与国际风湿病权威教科书《Rheumatology》撰写的中国作者。近年来他23次在国际学术会议上报告，曾5次组织在上海、多伦多、西西里、巴黎等地召开“强直性脊柱炎国际会议”并担任主旨报告人，是2016年亚太风湿病年会的学术委员会主席，2019年亚太风湿病年会《Year Review in Research》的特邀全会报告者，提升了我国风湿病研究在国际舞台上的影响力。
