原清华大学医学院成立于2001年10月,著名医学科学家、两院院士吴阶平先生担任首任院长,生物物理学家赵南明教授、结构生物学家施一公院士、神经科学家鲁白教授、免疫学家董晨教授先后担任常务副院长。2016年9月至2020年8月,董晨教授担任医学院院长。2020年12月,祁海教授担任医学院院长。2023年6月,经清华大学党委常委会决议,重组清华医学架构,撤销原医学院,组建由基础医学院、生物医学工程学院、药学院、临床医学院以及北京清华长庚医院、清华大学第一附属医院、清华大学玉泉医院构成的新清华医学院,英文名 Tsinghua Medicine,统筹清华大学的医学教育、科研、合作与社会服务。重组后的新医学院,由国际著名眼科国际专家和临床科学家、新加坡国家科学院院士、美国国家医学院外籍院士黄天荫教授担任主任。