肿瘤生物学

陈默

清华大学医学院助理教授

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解析基因表达调控机理,探索癌症发生发展机理

陈默研究员2001年毕业于清华大学生物科学与技术系并获得学士学位, 之后就读于美国哥伦比亚大学生物系,2011年获得博士学位,研究选择性剪切在癌症中的作用。2012-2017年陈默在美国洛克菲勒大学进行博士后研究,探索转录因子和染色质蛋白在维持癌症生存中的功能。陈默于2017年底返回母校,入职清华大学医学院基础医学系,担任博士生导师。 陈默研究员长期从事基因表达调控研究,探索转录因子和表观遗传因子在癌症中的工作机理,并且在这些方面中取得了突出的成绩,发表多篇高水平的科研论文和专利。

鉴定癌症致病机制,指导下游产业攻关方向

陈默实验室主要研究表观遗传因子如何与转录因子协同调控癌症细胞的特异性基因表达,导致癌症细胞对于这些因子的依赖作用。实验室有成熟的小鼠胰腺癌模型,利用快捷的Cas9小鼠和AAV病毒可以迅速的建立胰腺炎和胰腺癌模型。她的实验室同时对于通用转录调控因子在转录激活过程中的分子机制非常感兴趣。研究方向主要包括以下几方面:

1.鉴定在胰腺癌发生过程中决定癌症祖细胞发生的染色质重塑蛋白并阐述其工作机理;

2.利用小鼠模型在体内进行CRISPR筛选胰腺癌发生发展的关键表观遗传因子和RNA结合蛋白;

3.急性髓系白血病普遍依赖JMJD1C生存的功能机制研究;

4.阐述通用转录调控因子P复合物在非编码以及编码RNA转录中的工作机理。

陈默研究员的重点研究成果是通过研究基因表达调控的机制探究癌症赖于生存的机理,何种蛋白质的表达决定了人体细胞的命运以及功能。癌症细胞区别于正常细胞的根本在于其表达癌症细胞生长所需要的蛋白,这些蛋白的表达取决于表达次蛋白的基因是否能被激活,转录因子和表观遗传因子是决定基因表达的重要调控因子。针对这些基因表达调控因子,陈默实验室在白血病和胰腺癌两种癌症中研究癌症发生过程中的早期决定因子和癌症一旦形成之后的维持因子。鉴定以及了解这些因子的工作机理有利于鉴定癌症致病机制,研究成果利于指导下游产业的攻关方向。陈默实验室另外的研究方向是RNA剪切和修饰蛋白在癌症中的功能机制,且早期研究获得美国专利。

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Chen M, Zhu N, Liu X, Laurent B, Tang Z, Eng R, Shi Y, Armstrong SA, Roeder RG. JMJD1C is required for the survival of acute myeloid leukemia by functioning as a coactivator for key transcription factors. Genes Dev. 2015 Oct 15;29(20):2123-39.

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•David CJ#,Chen M#,Assanah M, Canoll P, Manley JL (2010) HnRNP proteins controlled by c-Myc deregulate pyruvate kinase mRNA splicing in cancer.Nature463: 364-8. * These authors contributed equally to this work.

Chen M,Manley JL (2009). Mechanisms of alternative splicing regulation: insights from molecular and genomics approaches.Nat Rev Mol Cell Biol.10(11):741-54.

•Feng Y,Chen M, Manley JL (2008). Phosphorylation switches the general splicing repressor SRp38 to a sequence-specific activator.Nat Struct Mol Biol.15(10):1040-8.

技术专利

Manley JL,Chen M, David CJ, Zhang J. Inhibitory RNAs to RNA binding proteins hnRNPA1, hnRNPA2 and PTB and uses thereof. US Patent 9,206,426, 8/12/2015


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