2011年3月2日，清华大学和北京市神经外科研究所签署合作协议，合作成立清华大学临床神经科学研究院。

研究所现有职工182人，设有5个行政管理部门、14个基础研究室、6个临床研究室、1个防治研究室、2个社会团体。在首任所长赵以成、第二任所长王忠诚的带领下，研究所已发展为科研、教学、临床为一体的、亚洲最大、在世界上享有声誉的神经外科研究机构。“世界卫生组织神经科学研究与培训中心” 、“北京神经外科学院”、“国家卫生计生委神经内镜与微创专业技术培训基地”、“脑肿瘤研究北京市重点实验室”、“中枢神经损伤研究北京市重点实验室”、“神经电刺激研究与治疗北京市重点实验室”、“脑肿瘤研究北京市国际科技合作基地”和“脑胶质瘤研究国际合作暨临床试验平台”均设在研究所。

研究所的宗旨是立足国际前沿，围绕脑重大疾病的基础和临床问题，致力于新理论、新技术、新方法的研究转化和应用，推动我国神经外科基础和临床医学水平的提高，充分发挥优秀人才、尖端设备和先进技术等综合优势，在积极参与国家重大项目、解决脑重大疾病科学问题的过程中，建立国际一流的产学研相结合的神经外科转化医学基地，培养具有国际一流的神经外科基础与临床人才队伍。

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