免疫学研究所中心仪器平台由清华大学985专项经费重点支持建设，建成以流式平台为核心，多种生物学相关大型仪器为辅的多功能服务平台。医学院助理研究员吴龙妍博士为平台负责人，另有黄静和张文政两位技术人员负责仪器的日常维护和技术培训。整个仪器平台以“为使用者提供便利的服务”为宗旨，免疫所的老师和学生在经过仪器培训，获得资格认证后，可以自由的预约使用仪器。

流式细胞仪是中心平台的核心仪器。中心配备3台细胞分析仪（BD LSR II SORP 5激光, BD LSRFortessa SORP 4激光, BD LSRFortessa SORP 5激光）；4台细胞分选仪器（BD Aria III 5激光, BD Aria III SORP 4激光, BD Aria III SORP 5激光, 美天旎全自动磁珠细胞分选仪 autoMACS Pro）。流式平台仪器可以进行多达15色的细胞分析和分选，能够很好地满足免疫所内科研仪器需求。

影像学技术

影像学技术是清华免疫所的优势强项技术。多个实验室配备了高端的影像学设备，包括：祁海教授实验室双光子活体成像显微镜；刘万里教授实验室全内角反射荧光显微镜。

转化平台

在清华大学和医学院的政策及资金支持下，免疫所和长庚医院共同建立清华大学转化医学平台的设想已进入起步阶段。先期建立“清华大学消化免疫疾病联合研究中心”，集合清华大学免疫所学科优势和科研成果，以及北京清华长庚医院的优秀临床医生、大量病理资源及已建立的病人样本库和信息资料库等优势，以实现基础医学和临床医学的实质性合作，培养杰出的研究型医生，共同提高国际地位和提升国际影响力,以期在10年内建设成高专业水准的转化医学平台。