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        医学院基础医学系、生物医学工程系及公共健康研究中心都具备培养研究生的能力。
       基础医学(生物学)学科坚持开放式的学科发展模式,经过十年的发展,已获得了基础医学一级学科硕士学位点。面向转化医学的发展趋势,基础医学系设置了分子与细胞生物学、免疫学、传染病学和神经科学四个重点发展方向,并力求学科布局合理,重点突出,师资素质好,研究起点高。
       生物医学工程学科具有明显的理工专业特征,以医、工结合为思路,设置了生物医学影像、神经工程、微纳医学和医疗仪器四个重点方向,已被评定为国家一级重点学科。此外,清华-约翰霍普金斯大学生物医学工程联合研究中心、清华大学-哥伦比亚大学高等基因组技术联合研究中心及清华大学生物医学影像研究中心的成立为生物医学工程的学科发展提供了良好平台。
       2010年7月清华大学成立公共健康研究中心,并挂靠在医学院;2011年10月,公共健康学科面向全国招收公共卫生专业硕士学位(MPH)研究生,并将国际先进的公共健康理念贯穿于研究生教学中,实现了真正意义上的多学科融合;2013年,为响应国家“一带一路”的号召,公共健康研究中心受教育部委托培养国际公共卫生硕士研究生(IMPH),截止2016年9月,已经连续三年招收了来自23个亚非拉国家的53名学生。2016年起,医学院启动高级健康管理与转化医学(EMTM) 硕士项目,为中国卫生事业管理单位及健康医疗服务机构培养具有临床研究能力、创新能力和国际视野的医生、科学家及医疗管理骨干,为建设“健康中国”储备后备军。