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基础医学系

沈晓骅

履历

    主要学历

    2003     博士 美国密歇根大学医学院生物化学系

    1996     学士 南开大学生命科学院              

    主要工作经历

    2016-至今       “长江学者奖励计划”特聘教授,清华大学医学院长聘副教授(正高),清华生命科学联合中心高级研究员       

    2010-2016          清华大学医学院特别研究员、准聘副教授,清华生命科学联合中心研究员      

    2004-2010          博士后、讲师,哈佛大学医学院、Dana-Farber癌症研究所和波士顿儿童医院

研究领域与方向

人和鼠的基因组一半左右是重复序列(repetitive elements),并有两万多个长链非编码lncRNA基因。 这些非编码核酸能被独立转录出来,然而我们对它们的功能和作用机制仍知之甚少。RNA结合蛋白(RBP)介导RNA加工、代谢和功能的执行;它们被认为是看家基因,在基因表达调控中作用长期被忽略。 RBP能否作为转录调控的一个通用分子在染色质上协调非编码ncRNA来行使功能呢?我们认为ncRNA和RBP介导了更精细的转录调控,造成细胞间不同层次和水平基因表达的差异,从而影响细胞命运决定以及发育的过程。因此,探索基因组中的非编码核酸的生物学功能和意义和RNA结合蛋白在转录调控中的新颖功能,在现代发育生物学和表观遗传学的交叉中尤为重要,是基因表达调控领域的前沿,也代表人类认识自身和生命复杂性的一个新方向,对于认识生物体的多样性、个体差异和进化具有重要意义。沈晓骅实验室主要以胚胎干细胞和小鼠为模型,研究多能干细胞分化和早期胚胎发育过程中,非编码核酸介导的转录和染色质调控对细胞命运决定的影响。包括:长链非编码lncRNA、基因组重复序列,和RNA结合蛋白,调控染色质结构、基因表达和细胞命运的新机制和普适性规律。

 

1.       非编码RNA和RNA结合蛋白介导的转录和表观遗传调控

Noncoding RNA and RNA-binding proteins in transcription and chromatin regulation

2.       基因组重复序列与基因表达调控和染色质结构和功能

Genomic repeats in genome organization and transcription regulation

3.       干细胞多能性和细胞命运决定的调控网络

Regulatory transcriptional networks in stem-cell pluripotency and embryonic development

学术荣誉与奖励

    《Cell Reports》 编委会委员、“长江学者奖励计划”特聘教授、 基金委杰出青年科学基金、 求是杰出青年、973首席科学家

关键词

非编码RNA、RNA结合蛋白、转录、表观遗传调控、染色质结构、干细胞多能性、细胞命运决定

代表性论文

代表性论文

1.       Liu L, Lu J.Y, Xing X, Li T, Li F, Yang X, Shen X. IDH1 fine-tunes cap-dependent translation initiation. J Mol Cell Biol. 2019. In print.

2.     Han X, Zhang J, Liu Y, Fan X, Ai S, Luo Y, Li X, Jin H, Luo S, Zheng H, Yue Y, Chang Z, Yang Z, Tang F, He A*, Shen X*. The lncRNA Hand2os1/Uph locus orchestrates heart development through regulation of precise expression HAND2Development. 2019. 146, dev176198. (* co-corresponding)

3.       Bi X, Xu Y, Li T, Li X, Li W, Shao W, Wang K, Zhan G, Wu Z, Liu W, Yin Y, Lu J.Y., Wang L, Zhao J, Wu J, Na J, Li G, Li P, Shen X. RNA targets ribosome biogenesis factor WDR43 to chromatin for transcription and pluripotency control. Mol Cell. 2019. 75: 102-116.

4.       Liu L, Li T, Song G, He Q, Yin Y, Lu J.Y., Bi X, Wang K, Luo S, Chen YS, Yang Y, Sun BF, Yang YG, Wu J, Zhu H*, Shen X*. Insight into novel RNA-binding activities via large-scale analysis of lncRNA-bound proteome and IDH1-bound transcriptome. Nucleic Acids Res. 2019. 47(5): 2244-2262. (*co-corresponding)

5.       Percharde M, Lin CJ, Yin Y, Guan J, Peixoto GA, Bulut-Karslioglu A, Biechele S, Huang B, Shen X, Ramalho-Santos M. A LINE1-Nucleolin Partnership Regulates Early Development and ESC Identity. Cell. 2018. 174(2):391-405.

6.       Han X, Luo S, Peng G, Lu JY, Cui G, Liu L, Yan P, Yin Y, Liu W, Wang R, Chang Z, Na J, Jing N*, Shen X*. Mouse knockout models reveal largely dispensable but context-dependent functions of lncRNAs during development. 2018. J Mol Cell Biol. 10(2):175-178. (* co-corresponding)

7.      Yan P, Luo S, Lu JY, Shen XCis- and trans-acting lncRNAs in pluripotency and reprogramming. Current Opinion in Genetics & Development. 2017. 46:170-178. 

8.        Luo S, Lu J, Liu L, Yin Y, Han X, Xu R, Wu B, Liu W, Yan P, Shao W, Chen C, Lu Z, Na J, Tang F, Wang J, Zhang Y.E. and Shen X. Divergent lncRNAs regulate gene expression and lineage differentiation in pluripotent cells. Cell Stem Cell. 2016. 18(5):637-52.

9.      Yin Y, Yan P, Lu J, Song G, Zhu Y, Li Z, Zhao Y, Shen B, Huang X, Zhu H, Orkin SH, Shen X. Opposing roles for the lncRNA Haunt and its genomic locus in regulating HOXAgene activation during embryonic stem cell differentiation. Cell Stem Cell. 2015. 16(5):504-16.

10.    Shen X, Kim W, Fujiwara Y, Simon MD, Liu Y, Mysliwiec MR, Yuan G, Lee Y, Orkin SH. Jumonji modulates Polycomb activity and self-renewal versus differentiation of stem cells. Cell. 2009. 139(7): 1303-1314. 

11.    Shen X, Liu Y, Hsu Y, Fujiwara Y, Kim J, Mao X, Yuan G, and Orkin SH. EZH1 mediates methylation on histone H3 lysine 27 and complements EZH2 in maintaining stem cell identity and executing pluripotency. Mol Cell. 2008. 32(4):491-502. 

12.      Shen X, Ellis RE, Lee K, Liu C, Yang K, Solomon A, Yoshida H, Morimoto R, Kurnit DM, Mori K, and Kaufman RJ. Complementary signaling pathways regulate the unfolded protein response and are required for C. elegans development. Cell. 2001. 107: 893-903. 

 

教学(主讲课程)

基因表达调控 (32学时)、文献分析与批判性思维培养(32学时)

联系方式

Email: xshen at tsinghua.edu.cn

Phone: +86-10-62798513